ก๊อตซิล่า อสูรร้ายที่ตื่น เพราะการทดลองระเบิดใต้น้ำ บุกเข้าถล่มโตเกียว กินซ่า ชินจูกุ เปลี่ยนโตเกียวที่เพิ่งจะฟื้นตัวจากสงคราม ให้กลายเป็นทะเลเพลิงอีกครั้ง รัฐบาลได้ย้ายเมืองหลวงไปที่โอซาก้า เพื่อเตรียมการรับมือ ทว่า.. ก๊อตซิล่าบุกเข้าโตเกียวอีกครั้ง โดยมีเป้าหมาย เพื่อเข้าไปหาแหล่งพลังงานที่เมืองอิบารางิ โทไคมุระ จากสภาพนี้ รัฐบาลได้รวมพลังงานไฟ น้ำ แสงอาทิตย์ ลม และพลังไฟฟ้าเข้าด้วยกัน เพื่อขับไล่ก๊อตซิล่าออกไปให้ได้

ญี่ปุ่นได้พัฒนาพลังงานแห่งความฝัน คลีนเอเนอร์จี้ ได้สำเร็จ ด้วยการใช้พลังแรงดันของน้ำ สร้างพลาสม่าขึ้นมา เพื่อจัดการกับก๊อตซิล่า แต่ว่า ก๊อตซิล่าได้มาขึ้นฝั่งที่โอซาก้า ที่ตั้งของคลีนเอเนอร์จี้แฟคทอรี่ เพราะรับรู้ถึงพลังที่รั่วซึมออกมา และหน่วยที่ถูกส่งไปต่อสู้กับก๊อตซิล่า คือหน่วยของหัวหน้ามิยาคาว่า ซึ่งในจำนวนนั้นก็มี สึจิโมริ คิริโกะ (รับบทโดย ทานากะ มิซาโตะ) อยู่ด้วย

ปี 2001 เริ่มมีการนำลิเนียมอเตอร์คาร์มาใช้ คิริโกะในฐานะหัวหน้าของหน่วย G-Grasper พยายามที่จะดึงตัวนักวิทยาศาสตร์อัจฉริยะ คุโด เก็น (รับบทโดย ทานิฮาร่า โชสุเกะ) มาช่วยสร้างเครื่องยิงมินิแบล็คโฮล ในการจัดการกับก็อตซิล่า ในการกำหราบก็อตซิล่า อาวุธรุนแรงของหน่วย G-Grasper ที่มีอานุภาพสามารถกำจัดก็อตซิล่าได้ แต่เพราะไม่สามารถเคลื่อนย้ายได้อย่างอิสระ จึงจำเป็นต้องลดขนาดเครื่องลง ซึ่งด้วยการชักนำของผู้สร้างเครื่องยิงแบล็คโฮล โยชิซาว่า โยชิโน่ (รับบทโดย โฮชิ ยูริโกะ) ทำให้คุโดตกลงใจที่จะให้ความร่วมมือ หลายเดือนต่อมา ได้มีการทดลองการยิงแบ็ลคโฮลขึ้น ซึ่งก็ออกมาเป็นที่น่าพอใจ แต่ทว่าในช่วงที่มีการเปิดออกของมิติขึ้น มีเด็กประถมที่บังเอิญผ่านไป ได้เก็บไข่ประหลาดมาจากที่นั่น และเด็กคนนั้นได้ย้ายบ้านตามไปกับพ่อไปที่โตเกียว ไข่ที่เริ่มมีรูปร่างแปลกไป ทำให้เด็กคนนั้นตัดสินใจ ทิ้งไข่ไปที่ทางน้ำใต้ดินของชิบุย่า ไข่นั้นก็ได้แบ่งตัวออกที่ทางน้ำใต้ดินนั้นเอง

ค่ำคืนของเมืองชิบุย่า มีหนุ่มสาวคู่หนึ่งถูกบางอย่างทำร้ายจนตาย มันก็คือเมก้านูรอน (Meganulon) ที่ลอกคราบกลายเป็นเมก้านิวร่า และบินอยู่ในความมืดของเมือง วันต่อมา หน่วยค้นหา G ได้ค้นพบคลื่นความร้อนของก็อตซิล่า เหมือนกำลังต่อสู้กับอะไรอยู่ คิริโกะจึงรีบขึ้นเครื่องกริฟฟ่อน (Griffon) ไปที่เกิดเหตุในทันที และได้พบกับซากศพของเมก้านิวร่าอยู่ที่นั่น คิริโกะจึงได้ทำการเก็บตัวอย่างของมันทันที ขณะนั้นเอง ก็มีเงาขนาดใหญ่ผุดขึ้นมาจากทะเล ก็อตซิล่านั่นเอง คิริโกะรีบหนีกลับไปที่กริฟฟ่อน และยิงกระสุนส่งสัญญาณที่คุโดคิดค้นขึ้น เข้าที่หลังของก็อตซิล่า ก็อตซิล่าเองก็หนีลงทะเลไปอย่างช้าๆ ส่วนพวกคิริโกะก็ใช้เครื่องกริฟฟ่อนตามมันไป

ในที่สุด เครื่องยิงแบล็คโฮลก็สำเร็จเป็นรูปเป็นร่าง และได้ตั้งชื่อว่า ไดเมนชั่นไทด์ (Dimention Tide) แผนงานกำจัดก็อตซิล่าเริ่มเดินเครื่องแล้ว อีกด้านหนึ่ง ได้มีการส่งเครื่องตรวจสอบทางน้ำใต้ดินของชิบุย่า และได้พบกับไข่ของเมก้านูรอนจำนวนมหาศาลอยู่ที่นั่น แต่ว่าในตอนนั้น แผนงานกำจัดก็อตซิล่า ได้ถูกกำหนดให้ลงมือแล้ว คิริโกะจึงรีบเดินหน้าไปด้วยกริฟฟ่อน เพื่อเดินแผนทันที เครื่องบิน F-15 และเครื่องกริฟฟ่อนได้จู่โจมใส่ก็อตซิล่า เพื่อล่อให้ก็อตซิล่ามาที่จุดเดินแผน

ขณะนั้นเอง เมก้านูรอน ที่ลอกคราบเป็นเมก้านิวร่า แล้วก็ได้บินมาหาก็อตซิล่าเหมือนกัน ฝูงของเมก้านิวร่าได้บินเข้าโจมตีก็อตซิล่าอย่างมืดฟ้ามัวดิน ทำให้ไม่สามารถทำการล็อคเป้าหมายได้ ก็อตซิล่าเองก็ทำการต่อสู้กับเมก้านิวร่า และได้พ่นคลื่นความร้อนออกมาเผาพวกมัน ในตอนนั้นเอง ปุ่มยิงไดเมนชั่นไทด์ได้ถูกกด แต่ทว่าพริบตานั้น ก็อตซิล่าได้หนีลงทะเลไปเสียแล้ว เหล่าเมก้านิวร่าที่เหลือรอดอยู่ ก็ได้กลับไปที่รังของมันที่ชิบุย่า และได้ถ่ายพลังให้กับเมก้านูรอนตัวใหญ่ ลอกคราบกลายเป็นเมก้ากิรัสไป และเริ่มอาละวาดทำลายตึกต่างๆ ในชิบุย่าทันที ขณะนั้นเอง ก็อตซิล่าก็มุ่งหน้ามาที่โตเกียวเช่นกัน ยังความสงสัยให้คิริโกะอย่างมาก มันจะมาที่โตเกียวเพื่ออะไรกัน ตอนนี้สงครามระหว่างก็อตซิล่า เมก้ากิรัส และมนุษย์โลกที่กำลังจะยิงไดเมนชั่นไทด์ ได้เริ่มขึ้นแล้ว ใครจะเป็นผู้หลงเหลือกันแน่ และเป้าหมายที่แท้จริงของก็อตซิล่าคืออะไรกัน...

โตโฮ เปิดตัวภาพยนตร์แนววิทยาศาสตร์ แผนการเพื่อความอยู่รอดของมวลมนุษย์ Godzilla Vs. Megaguirus ผลงานเรื่องที่ 24 ของก๊อตซิล่า เป็นภาพยนตร์ที่ใช้วิทยาการใหม่ ในการถ่ายทำเข้าช่วยสร้าง เพื่อเป็นการต้อนรับศักราชใหม่ที่มาถึง หลังจากที่ก๊อตซิล่ายุคใหม่ ได้รับการเปิดตัวไปแล้วครั้งหนึ่งที่อเมริกา ช่วงซัมเมอร์ปี 2000 ซึ่งก็ได้รับความนิยมอย่างสูง และเพื่อต่อสู้กับก๊อตซิล่าอีกครั้ง โดยมีแผนการใช้อาวุธที่ชื่อว่า กระสุนแบล็คโฮล ไดเมนชั่น ไทด์ เพื่อเปิดไมโครแบล็คโฮล ดูดก๊อตซิล่าเข้าไปในนั้นชั่วนิรันดร์ โดยหน่วยงานที่จะปฎิบัติการคือ หน่วยต่อต้าน G "G-Grasper" ซึ่งมีหัวหน้าเป็นผู้หญิง สึจิโมริ คิริโกะ ร่วมด้วยหน่วยกริฟฟ่อน นอกจากนี้ สัตว์ประหลาดที่มาจากอีกมิติหนึ่ง ของไมโครแบล็คโฮล "เมก้านิวร่า" ที่เปลี่ยนร่างเป็นเครื่องจักรต่อสู้ "เมก้ากิรัส" (Megaguirus) ก็ปรากฎตัวขึ้นจู่โจมก๊อตซิล่าอีกด้วย การต่อสู้อันยิ่งใหญ่ครั้งนี้ ใครจะเป็นผู้เหลือรอดกัน ก๊อตซิล่า ? มนุษย์ ? หรือจะเป็นเมก้ากิรัส ภาพยนตร์แนววิทยาศาสตร์ตื่นเต้น ที่ใช้เทคนิคการถ่ายทำพิเศษมากมาย ได้เปิดฉากขึ้นแล้ว

ผู้กำกับ เท็ตสึกะ มาซาอากิ เป็นแฟนของก๊อตซิล่าตัวยง แน่นอนว่า ต้องสร้างผลงานก๊อตซิล่าเรื่องนี้อย่างเต็มความสามารถ เจ้าหน้าที่ฝ่ายเทคนิคพิเศษ ซึสึกิ เค็นจิ จาก Godzilla 2000 จะใช้เทคนิคที่ยิ่งใหญ่กว่าครั้งก่อน สร้างภาพขึ้นมา ผู้เขียนบทยังคงเป็น คาชิวาบาร่า ฮิโรชิ และ มิอุระ วาตารุ เรื่องเพลงเป็นหน้าที่ของ โอชิม่า มิจิรุ ผู้มีผลงานมาแล้วหลายเรื่อง ทั้งในทีวีและภาพยนตร์

ดาราแสดงนำ ทานากะ มิซาโตะ ผู้โด่งดังจาเรื่อง"อากุริ" (Aguri) รับบทเป็น คิริโกะ หญิงสาวผู้อาจหาญ ที่กล้ายืนประจัญหน้าต่อสู้กับก๊อตซิล่า และด้วยความร่วมมือของนักวิทยาศาสตร์อัจฉริยะ ผู้สร้างไมโครแมชชีน คุโด เก็น แสดงโดย ทานิฮาร่า โชสุเกะ และหน่วยรบที่ร่วมสู้กับคิริโกะประกอบด้วย คัตสึมุระ มาซาโนบุ, อิเคอุจิ มันซากุ, ยามางุจิ มากิยะ, ยามาชิตะ เท็ตสึโอะ ร่วมด้วยผู้ชายในดวงใจของคิริโกะ หัวหน้าหน่วยพิเศษมิยาคาว่า แสดงโดย นางาชิม่า โทชิยูคิ, แม่ของเด็กที่นำไข่ของเมก้านูรอนมาที่โตเกียว แสดงโดย คาโต้ คาสึโกะ, นักวิทยาศาสตร์ที่วิจัยเรื่องของเมก้ากิรัส ยามางุจิ แสดงโดย นาคามุระ คาสึโอะ, ผู้กุมกุญแจของแผนงานทำลายล้าง G หัวหน้าหน่วยซึงิอุระ แสดงโดย อิบุ มาซาโต้ และผู้สร้างไดเมนชั่นไทด์ โยชิซาว่า โยชิโนะ แสดงโดย โฮชิ ยูริโกะ ที่เคยแสดงใน "Ghidorah: The Three-Headed Monster" เมื่อปี 1964